Les eaux de l’Allaine et de ses affluents présentent de fortes concentrations en divers polluants.
Divers polluants(nitrates...) et micropolluants (pesticides, métaux, HAP…) sont présents en fortes concentrations dans les eaux de l'Allaine. Par suite, la qualité hydrobiologique est très souvent dégradée et on note l’absence des espèces les plus polluosensibles.
Les axes retenus pour ce volet sont les suivants :