Le programme d'action du Contrat de rivière Allaine est divisé en 5 thèmes ou volets:
Volet A: Restauration de la qualité des eaux superficielles et souterraines
Volet B1: Restauration du bon état écologique des cours d'eau et des milieux aquatiques
Volet B2: Amélioration de la culture du risque d'inondation
Volet B3: Préservation et amélioration de la ressource en eau potable
Volet C: Coordination, animation, suivi et réalisation du contrat
Au total, ce sont 90 fiches-actions qui ont été programmées sur une durée de 5 ans.
